农工党中央在全国政协十二届三次会议提交的一份提案中指出，环境税方案应该从顶层进行全面、系统的设计，而不应仅仅是“小修小补”或简单的排污费改税，否则将失去建立环境税的政策意义和效率，反而增加环境税费改革的成本和“负效应”。

　　农工党中央建议，要选择独立型环境税方案，逐步开征一系列以环境保护为明确目标的环境税税目，从顶层出发系统构建独立型环境税。独立型环境税应设计4个税目，即污染排放税、污染产品税、生态保护税和二氧化碳排放税，并提出低、中、高三档税率方案。同时建议将4个税目组合征收，在排放环节征收污染排放税和碳税，在消费环节征收污染产品税，在矿产资源开采环节征收生态保护税，合理有效分担生产、消费不同环节参与者的税负。

　　农工党提出，应坚持税收中性原则，实现经济和环境的双重红利。在税制优化调整的大背景下实现环境税改革的税收中性原则，包括降低增值税、所得税等一般性税负，对低污染产业采取税收减免和优惠措施，为弱势群体提供价格补贴，用环境税收入建立国家环境保护基金等措施。

　　最后，建立动态跟踪、实施评估和逐步调整机制。实行跨部门的环境税信息交流和反馈机制，及时掌握环境税相关信息；建立环境税实施年度评估机制，分析环境税的效果和存在问题；建立环境税动态调整机制，定期调整环境税的税目和税率。