跨越新世纪，对于中国书画鉴定的研究进入到深入研讨书画鉴定方法论的时期。

二十世纪末二十一世纪初，不断发生的书画鉴定纷争事件，以及造成许多古书画鉴定的错综迷离的案例，不断提醒我们，如何运用科学有效的书画鉴定方法解决这些问题已经是迫在眉睫的大事。在对问题意识越来越注重的当代学术研究已经进入到反思与超越的阶段之时，中国书画鉴定该如何自振？在这种大的学术研究氛围中审视书画鉴定方法论的问题，或许可以发现：它的“文明”程度远远不能跟上同时代的其他学术研究的高度和广度。

当然，在当代学术研究的氛围中，书画鉴定界在试图解决具体的书画鉴定纷争的同时，也在不断地探索理论研究的方向。主要表现在以科研院所与高校的书画鉴定专家、学者们对书画鉴定方法论的反思，和试图进一步重新构建书画鉴定理论体格的研究。

在书画鉴定纷争紧紧吸引人们眼球的同时，书画鉴定研究者们也在不断地试图找到其间的学术规律，希望能进行书画鉴定理论深入的学理研究。与上世纪六十到八十年代鉴定流派时期的书画鉴定家的理论研究不同的是，探讨鉴定方法论时期的理论研究不仅只是针对画作的真伪研究和对画家、画风、画派的考证等指向辨伪实践操作的研究，而是更进一步指向对已有研究的再研究。如对现当代书画鉴定现状和方法论的反思研究；对古代书画鉴定家的鉴定理论及鉴定方法论的研究；对现当代鉴定家的鉴定理论和鉴定方法论的研究；从其他技术或学术门类与书画鉴定的关系切入而进行的研究，从而延伸到书画鉴定的方法论问题等等。综括地说，这一时期深入进行书画鉴定方法论研讨的表现特征是：从单一的围绕如何鉴定书画的实践操作理论研究到鉴定理论研究格局的重新构建。这不仅是研究的具体内容和方向的转变，而是整个理论研究思维模式的转变和进一步拓展。