新修订的条例对秦岭生态环境保护规划体系，核心保护区、重点保护区和一般保护区的划定，植被、水资源和生物多样性保护等方面做了进一步修改和完善。 

条例规定，秦岭生态环境保护遵循保护优先、节约优先、自然恢复为主的方针，坚持统筹规划、科学利用、严格监管、公众参与的原则。 

涉及秦岭的开发建设活动，应当遵循先规划、后建设的原则。县级以上人民政府及其有关行政主管部门应当严格执行相关规划，对不符合规划要求的建设项目不得办理相关手续。 

除本条例另有规定外，核心保护区不得进行与生态保护、科学研究无关的活动；重点保护区不得进行与其保护功能不相符的开发建设活动；一般保护区生产、生活和建设活动，应当严格执行法律、法规和本条例的规定。 

禁止在核心保护区、重点保护区勘探、开发矿产资源和开山采石，禁止在秦岭主梁以北的秦岭范围内开山采石。已取得矿业权的企业和现有采石企业，由县级以上人民政府依法组织限期退出。 

在核心保护区、重点保护区禁止房地产开发。在一般保护区进行房地产建设活动，应当遵守法律法规的规定，符合国土空间规划、秦岭生态环境保护规划和控制性详细规划的要求，依法办理审批手续。 

将从2019年12月1日起施行的这一条例还规定，禁止在核心保护区和饮用水水源保护区、地质灾害隐患点范围内开办农家乐、民宿，禁止占用耕地、林地、河道、公路用地及公路建筑控制区开办农家乐、民宿。 

违反条例规定在核心保护区、重点保护区违法进行开发建设活动的，由县级以上有关行政主管部门责令停止违法行为、限期拆除、恢复原状，对单位处以50万元以上200万元以下罚款，对个人处以5万元以上20万元以下罚款。