据台湾《联合晚报》5日报道，“立法院”预算中心2017年度海基会预算评估报告称，海基会人事费编列近1.4亿元，平均每名员工年人事费达120.6万元，部分单位主管待遇高于部会的“政务次长”。报告说，海基会员工有114人，他们无需通过考试进入，不受公务体系相关限制，应考虑检讨薪资基准的合理性。

对此，亲民党“立委”陈怡洁称，海基会薪水过高问题一直为人诟病，过去它在两岸关系上有重要功能，现在几近停摆，董事长田弘茂自己都说“两岸关系要死不活”。民进党“立委”庄瑞雄则称，陆委会和海基会性质特殊，在大陆“干扰”下业务僵住了，不能说是海基会的问题，不好从薪水上苛责。《联合晚报》称，海基会为台湾当局捐助成立的财团法人，当局补助款占其年度总收入约七成。

海基会长期被认为是岛内“肥猫机关”。2014年，海基会人均月薪11.35万元，时任董事长林中森月薪24万多元，而他的长官、时任陆委会主委王郁琦只有19万元。林中森当时回应称，其他官员有信义官邸，而他没有宿舍，需要租房子。