本案是台前“高检署查黑中心”当年侦办首长特别费案时，接获绿营告发分案，之后再移转北检侦办，北检等到马英九去年卸任台湾地区领导人后才重新分案侦办，总计全案历经10年后才侦结。目前马英九遭绿营告发及检举不法案，北检仍有7案侦办中。

北检指出，马英九被控1999年以台北市长特别费，不实报支、核销爱犬“马小九”动检所留置费、健康检查、住院医疗及其他代购品费用共9900元，另马英九遭告发从1998年12月到2003年12月为止，每月用领据请领特别费17万元，汇进妻子周美青账户，涉嫌贪污及伪造文书罪。

其中，马英九被告发将特别费汇入妻子账户部分，因他所涉特别费案，早已在2008年获“最高法院”判决无罪确定，因告发事实与判决事实属同一案件，为前案确定判决效力所及，且特别费案亦经“立法院”修正“会计法”，废止其刑罚，依法不得再行追诉。

另“马小九”部分，北检认为，是由特别费核销费用，同样因特别费案已经“立法院”“修法”除罪化，依法不得再行追诉。因此对马英九做出不起诉处分。