1936年，杭州古荡老和山在建造杭州第一公墓时，出土了一些石器。这引起了当时一些考古学家的注意。当年5月底，浙江省立西湖博物馆和吴越史地研究会合作对遗址进行试掘。

据文献记载，当时试掘开探坑3个，仅获石器6件、陶片3块，另采集石器10余件。后来，这次试掘被认为是“江浙地区第一次与良渚文化相关的田野考古发掘”。

虽然此次考古仅持续了一天时间，但这可以看做是良渚遗址发现的开端。

当时参与古荡发掘的西湖博物馆工作人员施昕更，在接触到出土石器后，“感到很熟悉”。他意识到“家乡良渚镇屡有出土的石器应与古荡有某种内在的关联”。

次日，施昕更回到其家乡良渚搜集文物。“除了石铲之外，意外的又得到许多不同形式的石器”。这一年7月，他第二次再赴良渚调查，并在枯竭的池底，拣到“不少”石器。同年11月，施昕更第三次赴良渚，在“良渚镇附近棋盘坟的一个干涸池底，偶然发现一二片黑色有光的陶片”。

西湖博物馆当时对此非常重视。馆方依照当时颁布的《文物保存法》第八条规定，呈请中央古物保管委员会，取得采掘执照。1936年末、1937年3月，施昕更先后三次代表西湖博物馆对棋盘坟、横圩里、茅庵前、古京坟、荀山东麓以及长明桥钟家村等六处遗址进行试掘。

此次发掘出土了大批黑陶和石器，同时经调查“发现了以良渚镇为中心的十余处遗址”。此后，施昕更据本次发掘完成了《良渚——杭县第二区黑陶文化遗址初步报告》。

报告记录了遗址发现经过、各遗址底层堆积情况、出土遗物、年代与文化性质分析以及编写报告过程。同时，该报告对以“良渚”作为遗址的定名也做了说明。报告这样写道：“最新的考古报告都以地名为名……我也来仿效一下，遗址因为都在杭县良渚镇附近，名之良渚，也颇适当……所以决定采用这二个字，有名实兼收之妙。”

不过由于日寇入侵，该报告的印刷、出版“经历了许多患难困苦的历程”。《良渚文化》记载，“杭州失守后，《良渚》报告在杭印刷的字版及锌制图版，在形势危急中均无法携出，在随同西湖博物馆迁徙流亡途中，施昕更以满腔的热情和惊人的意志，重新整理旧稿，经馆长董聿茂先生奔走，得到浙江省教育厅经费支助，至1938年终由上海中国科学公司印刷出版”。

但因当时条件所限，考古学者并未采取“良渚文化”的说法。即便是发现者施昕更也认为，良渚遗址与山东的龙山文化属同一文化体系。

1949年后，随着江浙一带的诸多文物在考古发掘中出土，有学者逐渐意识到良渚当属独立的文化体系。

1957年，考古学家夏鼐在《浙江新石器时代文物图象》的序言中指出，良渚等遗址出土的遗物有其独有特色。两年后，1959年，在长江流域规划办公室文物考古队队长会议上，夏鼐提出了“太湖沿岸和杭州湾的良渚文化”这一说法。

此后，相关考古不断进行。1987年，浙江余杭瑶山发现良渚祭坛和贵族墓地；2007年，良渚古城的发现和确认，标志着良渚遗址进入都邑考古新阶段；2009年—2012年发现和确认良渚古城外郭城；2009年—2015年发现和确认良渚古城外围水利系统。而这些都被列在此次“良渚古城遗址”申遗的范围之内。

浙江省文物考古研究所研究员王宁远曾对媒体表示，良渚遗址拥有水利系统、分等级墓葬、祭坛、以玉器为代表的礼器，遗存类型丰富、遗址格局完整，成为中华五千年文明史的实证。

浙江省文物考古研究所所长刘斌此前也曾表示，目前主流的国际学术界已经因良渚的发现，接受了中国有五千多年文明史的观点。

据悉，良渚申遗结果将于2019年出炉。