2006年，陈文清调任福建省委常委、省纪委书记，成为当时最年轻的省级纪委书记，并于次年当选十七届中央纪委委员。

2011年，51岁的陈文清当选福建省委副书记，并继续兼任省纪委书记。2012年11月任中纪委副书记，成为当时最年轻的中纪委副书记。

从事纪检工作近10年

2006年至2015年，陈文清几乎一直从事纪检工作。2008年，陈文清曾接受媒体专访，阐述了自己的“反腐观”。“反腐倡廉必须坚持惩治和预防两手抓、两手都要硬，在坚决惩治的同时实施有效预防是反腐倡廉建设的必由之路。”

2012年履新中纪委后，陈文清曾重点负责机关改革和针对纪检系统自身的监督工作。

2014年3月，中纪委监察部机关进行机构改革，增加了纪检监察干部监督室，专门负责对纪检监察干部的监督。

“正人先正己，只有自身过硬，才能履行好监督别人的职责。”陈文清表示，增设纪检监察干部监督室，正是为了加大对纪检监察干部违纪违法行为的查处力度，加强对纪检监察系统自身的监督，防止队伍内部出现“蛀虫”，及时把“害群之马”清理出去。

在中纪委工作两年半之后，2015年4月，陈文清不再担任中纪委副书记一职，重新回到了自己早年从事的政法领域。5个月后，他首次以国安部党委书记的身份露面。