基金会的决策机构是捐款人大会。蛇口基金会按照政府相关部门的要求制定了基金会章程，还别出心裁地制定了《捐款人公约》，用它来约定治理结构及基本的运行规则。

捐款人大会之下是理事会，理事会下面设立秘书处，聘请了一位全职工作人员。

周为民介绍，蛇口基金会的捐款人代表共有3类：一是本届理事会的理事和监事；二是大额捐款人，捐款额在1万元以上；三是小额捐款人，每位小额捐款人代表接受其他5位小额捐款人委托。

截至2016年11月，蛇口基金会共有10位理事和监事、10位大额捐款人及42位小额捐款人。

除了秘书处，理事会下面还设有项目评审委员会及捐款工作小组，主要负责捐款事项。

2016年，蛇口基金会做了一些资助项目，发起了深圳市第一个“无车日”公益活动，参与了当地招商街道的“幸福招商大讲堂”活动，也参与了招商局改革开放历史博物馆民间文物征集工作，拍摄纪录片《袁庚传奇》。

通过一段时间的积累和学习，蛇口基金会管理团队意识到，社区公益组织应该形成一个生态，进而促成社区治理的氛围。在这个过程中，基金会应重视积累社会资本。

何谓“社会资本”？周为民认为，它有5个最重要的内容：一是社区内的领袖人物；二是社区内的各类组织，包括志愿者与义工队；三是社区外协作的公益组织，基金会应引入此类资源，在社区内开展项目与活动；四是社区内的捐款资源，应做大量工作，让居民与企业积极捐款；五是当地政府、企业以及居民对基金会的认可度。

这5点成为衡量基金会工作成效的主要标准，但蛇口基金会也面临一些问题。比如，基金会到底如何定位？是纯粹的资助型平台还是社区活动的发动者？这意味着基金会的理事扮演何种角色——究竟只管决策还是参与到日常工作中去？

“社区基金会与其他类型的基金会是不同的，理事本身就是社区的意见领袖，如果他们不发动和参与活动，就会降低社区活力。因此，我们认为，至少在社区基金会成立的初期阶段，理事们必须要参与活动。至于后续发展，我们会边做边摸索。”周为民说，“我们要向前走，莫回头。”