1993年起刘贯文就不再参加三晋文化研究会的活动，但直到1999年，徐继畬文物仍然被其拥有。1999年11月11日，三晋文化研究会副秘书长刘在文在接受法官张纯调查时提到，徐继畬文物是“刘贯文主管，名义上是捐给三晋文化研究会的”。

　　1999年11月11日下午，在刘贯文在家中向办案法官张纯承认，徐继畬文物很多的确在他手里，不过是做研究之用，“我手中保管的东西，是为三晋文化研究会保管。”

　　此外，接受法官调查时，徐继畬文物的一部分由山西省社科院干部崔正森保管。崔正森此前是三晋文化研究会学术部的人，但此时学术部已经不存在了。

　　官司

　　文物捐赠后，户口却始终没有解决。如今已50岁的徐进伟依然是农民。

　　当时三晋文化研究会学术部的崔正森曾到徐进伟所在的五台县，想让当地帮忙办理户口。五台县对徐继畬文物流出当地非常不满。时任五台县委书记周新玉所写的证明材料提到，五台县时任副县长张云楼对崔正森说，“你不经过县政府，就私自拉走徐家文物，是违法的。你再说，我让公安局和你谈话。”

　　徐家于2000年将三晋文化研究会告上法庭，请求法院判决捐赠行为无效，想索回家里捐赠的文物。徐继畬文物捐赠案历经太原市迎泽区法院、太原市中级法院、山西省高级法院审判。太原市中级法院驳回诉讼请求，山西省高级法院维持原判。这样，徐进伟处于一种既没有得到城市户口，又失去徐继畬文物的状态。

　　但在案件侦办过程中，关于本次捐赠的另一个问题浮现出来：部分文物已经遗失。

　　在太原市中院审案中，对于这批后来找不到的文物，三晋文化研究会当时答复称，具体保管人外出未能见到。

　　2000年，国家文物局答复太原市中院的函件提到，三晋文化研究会应集中保管徐继畬有关文物资料，或交由具有保管能力的山西省博物馆管理。

　　2001年1月19日，徐继畬文物原来的保管者三晋文化研究会将文物移交给了山西省博物馆。正是在移交过程中，一个严重的问题暴露出来：其中28件文物下落不明，包括《乾隆四十二年诰封徐继畬曾祖父母圣旨》。

　　徐继畬文物此前保管的混乱状态方被社会广泛关注。

　　2001年2月21日，三晋文化研究会副秘书长雷忠勤在山西省高院庭审时做了《徐继畬文物资料存放的现状》说明。该说明称，“还有25件资料，由于某种特定的暂时性原因，至今仍在继续整理中。我本人就参与了这一清理活动。”但该说明没有指出清理活动到底是什么，而是较模糊地提到，“把这一清理工作进行到底，包括必要时采用其他一切合法的手段和形式进行清理。”

　　2001年5月16日，山西省高院书面通知三晋文化研究会，要求限期将徐继畬的28件文物资料全部移交给山西省博物馆，否则将依法承担法律后果。

　　2001年5月31日，三晋文化研究会给时任山西省政法委书记杜玉林的报告中称，“其余文物资料，由于历时已久，其间学术部也有过人员变动，刘贯文早已退休，年事已高，且健康状况不佳，记忆衰退，虽经查找小组努力查找，至今未能如数找到原件。”

　　刘贯文于2007年去世。