1981年，“三十而立”的吕新华成为常驻联合国代表团随员，开始了在外交生涯中的“秘书岁月”。其中，1988-1998年间，吕新华担任了外交部办公厅及国务院办公厅秘书，这十年他跟随时任外交部长的钱其琛走访了世界上100多个国家。2003年开始，吕新华担任外交部副部长，主管行政、财务、机关服务中心等事务，直到2006年卸任，其后成为外交部驻香港特别行政区特派员。

在这期间，吕新华与香港结下了不解的缘分。上任后，吕新华创立了8个公共外交新平台，不仅与香港媒体互动频繁，更开创特派员公署公众开放日活动。吕新华在《香港，心中始终有你》一文中曾这般写下他对香港的寄语：“在我40年的外交生涯中，有16年时间，为香港的回归和繁荣稳定贡献力量，深感光荣和责任重大”，"无畏更无惧"、"携手踏平崎岖"的"狮子山"精神让他战胜一个个困难和挑战”。

也正是基于这些工作经历，吕新华掌握了诸多应对媒体的方法与技巧。除了2014年妙答周案，2015年3月政协新闻发布会上，吕新华依然正面回答了反腐形势等敏感问题。

当时吕新华称，党和政府以及人民群众在反腐问题上的态度是一致的，“大家都很任性”。他还说，“我们坚信，反腐败是党心民心所向，必定取得胜利”。其后，还有记者问他是否会有更大“老虎”落马，吕新华声称“反腐无禁区”，反腐对象里没有不被查处的“铁帽子王”。“任性”、“铁帽子王”等词确实生动，却也“难坏了”在场的翻译，还是吕新华本人对这几个词作了解释，方才化解了翻译的“尴尬”。

吕新华后来回忆道：“我这个人总体上比较严肃，但也有点小幽默，平时也爱打个趣、逗个乐什么的。用网络语言是接地气的表达，但也不能为用而用，那样会很生硬。”，“特别是应景的，整个社会都关心的，让我有一展身手的感觉。”