大运河流经地域广，遗产构成复杂，涉及部门众多，保护管理协调难度很大。作为中国境内两条巨型线性遗产，长城有长城法，却缺少大运河法，这部法律，应该至少是国务院层面上出台的法规，只有这样，才能为大运河遗产的保护、管理工作提供强有力的法制保障。

大运河申遗成功后需要一个专门机构负责大运河遗产的长效保护管理，建议将“大运河联合申报世界文化遗产办公室”改名为“中国大运河遗产保护管理办公室”，职能调整为组织中国大运河遗产的保护管理、监测督查、宣传研究等，承担起运河全线遗产保护管理职能。

大运河遗产利用要提倡政府主导的市场化运作。可借鉴杭州经验，杭州为加强对运河的综合保护和利用，专门成立了市京杭运河（杭州段）综合保护委员会，与市运河（杭州段）综合整治与保护开发领导小组办公室合署办公。成立了市属国有独资公司杭州市运河集团，与市运河综合保护委员会“两块牌子一套班子”。杭州市政府按照“坚持标准、自求平衡”原则和“市场化筹资、多元化投入”思路，取得了环境、文化、旅游、遗产保护的共赢。